A Universidade Pedagógica (UP) foi fundada em 1985 como Instituto Superior Pedagógico (ISP), por diploma ministerial no 73/85, de 4 de Dezembro, como uma instituição vocacionada para a formação de professores para todos os níveis do Sistema Nacional de Educação (SNE) e de quadros da educação.
A criação do ISP em 1985 resultou de uma visão estratégica assente na necessidade de melhor coordenar a formação de quadros para o sector da educação.
Aquando da sua criação, a instituição começou a funcionar em instalações da então Escola Preparatória General Joaquim José Machado. Estas instalações, com cerca de quinze salas e poucos gabinetes de trabalho, foram concebidas para uma escola secundária de então e não, propriamente, para uma universidade. Mas, o rápido crescimento da UP ditou a procura de novos espaços.
O ISP, em 1986, começou com apenas três Faculdades, nomeadamente: a Faculdade de Matemática e Física, a oferecer a Licenciatura em Ensino de Matemática e Física; a Faculdade de História e Geografia, a disponibilizar, igualmente, um único Curso, a Licenciatura em Ensino de História e Geografia; e, a Faculdade de Pedagogia e Psicologia, responsável pela Licenciatura nessas duas áreas.
Em 1987, entra em funcionamento Faculdade de Línguas com, apenas, a Licenciatura em Ensino de Português e só mais tarde introduziu outras duas Licenciaturas, em Ensino de Inglês e em Ensino de Francês. Os Cursos de Línguas sempre tiveram um carácter monovalente, contrariamente às restantes. Actualmente, esta Faculdade passou a designar-se Faculdade de Ciências da Linguagem, Comunicação e Artes.
Um ano mais tarde, em 1988, é criada a Faculdade de Química e Biologia, oferecendo uma Licenciatura bivalente que integrava as duas áreas científicas.
A expansão geográfica da instituição começa a ser consumada a partir de 1989 com a entrada em funcionamento da Delegação da Beira, ocupando as instalações da então Escola Comercial Patrice Lumumba. O ISP torna-se, então, na primeira instituição universitária a funcionar para além da capital do país.
Em 1991, as Faculdades até então criadas mudam de nome, como forma de: i. alargarem o espectro da sua actividade, possibilitando a integração de Cursos em novas áreas científicas e ii. Responder com a integração de novas áreas/cursos às necessidades de formação de professores para outras especialidades e de profissionais para outras áreas. Assim, a Faculdade de História e Geografia passa a designar-se por Faculdade de Ciências Sociais, nome que mantém até ao momento; a Faculdade de Pedagogia e Psicologia passa a denominar-se Faculdade de Ciências Pedagógicas sendo actualmente designada por Faculdade de Ciências da Educação e Psicologia; as Faculdades de Matemática e Física e de Química e Biologia fundiram-se passando a denominar-se até ao momento Faculdade de Ciências Naturais e Matemática. Esta última Faculdade passa a funcionar no campus de Lhanguene que comportava, na altura, cerca de duas dezenas de salas de aulas, gabinetes e um internato para cerca de 150 estudantes.
Em 1993, entra em funcionamento a Faculdade de Ciências de Educação Física e Desporto, oferecendo, na altura, uma única Licenciatura em Educação Física. Actualmente, esta Faculdade designase por Faculdade de Educação Física e Desporto.
A segunda Delegação da UP a entrar em funcionamento foi a de Nampula, em 1995, que começa a funcionar num pequeno edifício com cinco salas, incluindo alguns gabinetes. Mercê da sua rápida expansão e da procura de vagas no ensino superior de que a região norte do país se ressentia, apidamente foi necessário encontrar-se mais espaços, para se acomodar os estudantes e os cursos. Em 1999, a UP consegue as instalações do ex-Instituto Médio Pedagógico, actual campus de Napipine.
Ainda em 1995, dez anos após a abertura da instituição, o ISP passa a Universidade Pedagógica com a aprovação dos Estatutos, ao abrigo do Decreto 13/95, de 25 de Abril. A transformação do Instituto em Universidade Pedagógica em 1995 correspondeu a uma segunda fase de redefinição de estratégias, de como realizar a sua missão de formação de técnicos para a educação e áreas afins. Nos finais dos anos 90 a UP define o seu futuro em termos de visão, objectivos estratégicos para garantir um ambiente de formação superior consentâneo com o ambiente dessa fase, caracterizado por uma reorganização do sistema de ensino superior no país, incluindo a criação de um Ministério de tutela.
Em 2001, é criada a Delegação da UP em Quelimane, que instalou os seus serviços administrativos num apartamento tipo 4, no centro da capital províncial. As aulas realizavam-se em salas e outros espaços cedidos pelo Instituto Médio Pedagógico (IMP).
Em 2005 são criadas duas delegações, em Gaza e em Niassa. Aquando da sua criação, a UP- Niassa recebeu da Direcção Provincial de Educação e Cultura um apartamento tipo 2 que funcionou como sede da Delegação, enquanto as aulas eram dadas em salas alugadas no Instituto de Formação e Administração Pública (IFAPA). A UP- Delegação de Gaza instalou a sua sede na Escola Secundária Joaquim Chissano, enquanto decorriam as obras de construção das primeiras salas de aulas em Venhene, com o apoio da Unidade de Desenvolvimento de Educação Básica – Laboratório (UDEBA Lab).
Em 2007 é criada a Delegação da UP em Massinga, tendo ocupado as instalações da então Escola Primária 29 de Abril, que logo a seguir foram transformadas no que é hoje o campus.
Em 2008 foram criadas, simultaneamente, duas delegações, a UP- Delegação de Manica e a Pdelegação de Montepuez. Essas delegações estão ainda a funcionar em instalações provisórias. Para além destas Delegações, são criadas duas escolas superiores, a Escola Superior Técnica e a Escola Superior de Contabilidade e Gestão, responsáveis por oferecerem Cursos na área técnicoprofissional.
A partir de 2009, a UP já se encontra representada em todas as províncias moçambicanas com a recente instalação da Delegação da UP na cidade de Tete.
Actualmente, a UP encontra-se estruturada em cinco Faculdades: Ciências da Educação e Psicologia (FACEP); Ciências da Linguagem, Comunicação e Artes (FCLCA); Ciências Naturais e Matemática (FCNM); Ciências Sociais (FCS) e Educação Física e Desportos (FEFD). Para além das Faculdades existem, também, duas Escolas Superiores: Técnica (ESTEC) e de Contabilidade e Gestão (ESCOG). Estas unidades orgânicas oferecem não só Cursos de formação de professores, que alimentam as necessidades do sistema educativo, mas também, Cursos noutras áreas, para a formação de outros profissionais. Os Cursos são ministrados em diferentes modalidades (presencial, semi-presencial e à distância) e em diferentes regimes (regular e pós-laboral).
Para além das Faculdades, existem as Delegações da UP, em todas as províncias moçambicanas, o que permite que os estudantes se mantenham, com maior facilidade, nas suas zonas de residência, o que fez diminuir, significativamente, os fluxos migratórios realizados em busca de uma oportunidade para frequentar o ensino superior.